Zespół Kontroli i Monitoringu zajmuje się przeprowadzaniem kontroli prawidłowości realizowanych zadań, zgodności działań z przepisami prawa, przyjętymi procedurami, umowami i porozumieniami.
W związku z pełnieniem przez Fundację Programów Pomocy dla Rolnictwa FAPA roli Instytucji Wdrażającej dla Działań 1.3 "Szkolenia", 1.4 "Wsparcie doradztwa rolniczego" oraz 2.7 "Pilotażowy Program Leader +" Sektorowego Programu Operacyjnego "Restrukturyzacja i modernizacja sektora żywnościowego oraz rozwój obszarów wiejskich, 2004-2006" Zespół Kontroli i Monitoringu wykonuje następujące zadania: