Zespół Kontroli i Monitoringu zajmuje się przeprowadzaniem kontroli prawidłowości realizowanych operacji, zgodności działań z przepisami prawa, przyjętymi procedurami, umowami i porozumieniami.
W związku z pełnieniem przez Fundację Programów Pomocy dla Rolnictwa FAPA roli podmiotu wdrażającego dla Działania 111. "Szkolenia zawodowe dla osób zatrudnionych w rolnictwie i leśnictwie PROW na lata 2007-2013", Zespół Kontroli i Monitoringu wykonuje następujące zadania: