W latach 1991-2000 FAPA administrowała i koordynowała wdrażanie Programów Phare w ramach Memorandów Finansowych (MF) 91, 92, 93, 95, 96 i 97 dla sektora rolnego. FAPA pełniła funkcję Jednostki Wdrażającej Projekty "Project Management Unit" działając na rzecz Ministerstwa Rolnictwa i Rozwoju Wsi we współpracy z Urzędem Komitetu Integracji Europejskiej i Przedstawicielstwem Komisji Europejskiej w Polsce. Zostało wdrożonych kilkaset projektów na łączną kwotę ponad 90 mln ECU. Realizowane projekty dotyczyły zarówno zakupów sprzętu komputerowego, laboratoryjnego jak i pomocy technicznej polegającej m.in. na szkoleniu pracowników (np. szkolenia dla lekarzy weterynarii pracujących na przejściach granicznych, szkolenia dla inspektorów Centralnego Inspektoratu Standaryzacji, szkolenia dla pracowników Ośrodków Doradztwa Rolniczego, szkolenia dla producentów, przetwórców, doradców rolnych i przedstawicieli służb kontrolujących w zakresie europejskich standardów zdrowotności jakości żywności) oraz na upowszechnianiu informacji i wiedzy z zakresu polityki państwa wobec wielofunkcyjnego rozwoju wsi i integracji polskiego rolnictwa z Unią Europejską. Pracownicy Sekcji Projektów (późniejszy Zespół Programów Pomocowych) koordynowali wdrażanie projektów na wszystkich kolejnych etapach procesu realizacji przedsięwzięć, tj. od identyfikacji problemu, poprzez przygotowanie Zakresu Zadań i Obowiązków dla zatwierdzonych do realizacji projektów, przeprowadzanie procedur przetargowych, a następnie kontrolę i monitorowanie postępów w realizacji projektów przez kontraktora. W realizacji projektów odnoszących się do obszaru całej Polski FAPA posługiwała się istniejącymi wówczas ośrodkami regionalnymi zlokalizowanymi w Koszalinie, Suwałkach, Bydgoszczy, Kielcach, Nowym Sączu, Rzeszowie i Zielonej Górze.

Przyznane środki zostały w całości wykorzystane i projekty zostały z powodzeniem zrealizowane.

Od roku 1998 nastąpił nowy etap Programu Phare na rzecz wsi i rolnictwa związany z kolejnym przyspieszeniem procesów integracyjnych Polski z Unią Europejską. Reorientacja Programu począwszy od Phare 98 koncentrowała się na wspieraniu przystosowania do acquis communautaire w drodze wdrażania projektów „bliźniaczych” polegających na przekazywaniu unijnego „know-how” przez ekspertów z krajów członkowskich UE delegowanych do tych instytucji, które po akcesji miały uczestniczyć w implementacji Wspólnej Polityki Rolnej i w administrowaniu środkami Funduszy Strukturalnych. Reorientacja Programu Phare wprowadziła też zmiany w krajowych strukturach wdrożeniowych pomocy zagranicznej, m.in. utworzono Centralną Jednostkę Finansująco-Kontraktującą.

Od 2002 roku Zespół Programów Pomocowych realizował kompleksowe zadania wsparcia formalno-proceduralnego Ministerstwa Rolnictwa i Rozwoju Wsi w realizacji programów Phare w ramach MF 2000, 2001, 2002, 2003 oraz Transition Facility na lata 2004-2006 dla sektora rolnego. Programy Transition Facility (Środki Przejściowe) są kontynuacją programów Phare – rozwój instytucjonalny, które mają na celu wzmocnienie administracji oraz wdrożenie prawodawstwa Unii Europejskiej w ciągu trzech lat po akcesji. Przy wykonywaniu zadań pracownicy ZPP ściśle współpracowali z beneficjentami tj. przedstawicielami poszczególnych Departamentów i Biur Ministerstwa Rolnictwa i Rozwoju Wsi, Agencji Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa, w tym Sekcji Koordynacji Phare i Współpracy z Zagranicą, Agencji Rynku Rolnego, w tym Biura Współpracy Europejskiej, Głównym Inspektoratem Ochrony Roślin i Nasiennictwa, Głównym Inspektoratem Handlu Art. Rolno-Spożywczych, Głównym Inspektoratem Weterynarii oraz z instytucjami nadzorującymi wdrażanie projektów: Urzędem Komitetu Integracji Europejskiej i Jednostką Finansująco-Kontraktującą.
Projekty Phare i Transition Facility odnoszą się do wzmocnienia instytucjonalnego w następujących obszarach: organizacja rynku rybołówstwa, system doradztwa rolniczego, standardy dla gospodarstw rolnych, rolnictwo ekologiczne, klasyfikacja tusz w systemie EUROP, wdrażanie FADN (Farm Accountancy Data Network), System Informacji Rolniczej, Zintegrowany System Zarządzania i Kontroli (IACS) oraz System Identyfikacji i Rejestracji Zwierząt, system Identyfikacji Działek Rolnych (LPIS),wsparcie administracji weterynaryjnej i fitosanitarno-nasiennej, wzmocnienie instytucji do stosowania mechanizmów Wspólnej Polityki Rolnej i Wspólnej Polityki Rybackiej, przygotowanie instytucji do wdrażania Finansowego Instrumentu Sterowania Rybołówstwa (FIFG), Europejskiego Funduszu Orientacji i Gwarancji Rolnej (EAGGF), rozwój instytucjonalny w zakresie programowania i wdrażania Europejskiego Funduszu Rolnego Rozwoju Obszarów Wiejskich (EFOGR) i Europejskiego Funduszu Rybackiego (IFOR) w latach 2007-2013, wzmocnienie kontroli nad środkami żywienia zwierząt, kontroli jakości rynkowej owoców i warzyw oraz kontroli bezpieczeństwa żywności w zakresie produkcji roślin uprawnych.

Kompleksowe wsparcie formalno-proceduralne Ministerstwa Rolnictwa i Rozwoju Wsi (MRiRW) w realizacji Programów Phare 2000, 2001, 2002, 2003 oraz Transition Facility 2004, 2005, 2006 dla wsi i rolnictwa, obejmowało:

• prowadzenie na rzecz MRiRW monitorowania wdrażania projektów, 
• opracowywanie i dostosowywanie Standardowych Formularzy Streszczenia Projektu (Fiszki) zgodnie z wymaganiami formalno-proceduralnymi, 
• sporządzanie i uaktualnianie Sektorowych Raportów Monitorujących oraz innych raportów, w tym finansowych zgodnie z wymaganiami beneficjentów,
• przygotowywanie dokumentacji przetargowej zgodnie z Ustawą Prawo Zamówień Publicznych, oraz Szczegółowej Fiszy Projektu Twinning Light zgodnie z Instrukcją Twinningową
• udział w pracach Komisji Przetargowych jako głosujący członek,
• wspieranie działań objętych Kontraktami Bliźniaczymi (Twinning) i Twinning Light.