PHARE - projekty regionalne
Od 1996r. FAPA pełniła funkcję wdrożeniową dla Programów Phare z Memorandum Finansowego 1995, 1996 i 1997 - Rozwój Regionalny, całościowo współfinansowanych kwotą 35,5 mln EURO. FAPA została włączona w przygotowanie i realizację programów kapitałowego wsparcia projektów infrastrukturalnych w kontekście szeroko rozumianego rozwoju obszarów wiejskich jak również doradztwa w opracowaniu strategii regionów i gmin poprzez realizację następujących Programów Rozwoju Regionalnego na Obszarach Wiejskich Phare:
Powyższe Programy wspierały inwestycyjnie: budowę dróg, budowę oczyszczalni, budowę wodociągów, budowę kanalizacji, telefonizację i modernizację sieci energetycznej.
W/w programy wymagały opracowania przez gminy strategii rozwoju gminy, która była zgodna ze strategią rozwoju regionu oraz założeniami Programu Phare.

Nadrzędnym celem programu RAPID było zredukowanie socjo-ekonomicznych różnic pomiędzy regionami poprzez wspieranie rozwoju infrastruktury, w szczególności na obszarach wiejskich w wybranych regionach, których socjo-ekonomiczny rozwój pozostaje w tyle w stosunku do średniej krajowej. W dziesięciu dawnych województwach Program RAPID był realizowany do końca 1999 r. Objęto nim sześć województw, które wcześniej uczestniczyły w Programie STRUDER tj. dawne rzeszowskie, łódzkie, katowickie, wałbrzyskie, suwalskie i olsztyńskie, a ponadto dołączone zostały cztery dalsze: piotrkowskie, sieradzkie, nowosądeckie i krośnieńskie.
Dla czterech nowo włączonych województw (dawne krośnieńskie, nowosądeckie, piotrkowskie i sieradzkie) koordynatorem była Fundacja Programów Pomocy dla Rolnictwa (FAPA), która nadzorowała wydatkowanie 5.000.000 EUR na 64 projekty infrastrukturalne.

Celem Programu STRUDER 2, który był kontynuacją programu RAPID było współfinansowanie małych projektów infrastrukturalnych, realizowanych jako część szerszego programu rozwoju regionalnego i przyczynienie się do restrukturyzacji i rozwoju gmin w wybranych, mniej rozwiniętych regionach Polski. Beneficjantami udzielanej pomocy były instytucje publiczne.
Priorytety realizacji małych projektów infrastrukturalnych współfinansowanych zgodnie z istniejącymi kryteriami Programu STRUDER 2 zostały zidentyfikowane w ramach regionalnych strategii i koncentrowały się na następujących dziedzinach:
tworzenie udogodnień dla MŚP, np. inkubatory biznesu, centra technologiczne itp.;
FAPA w ramach Programu STRUDER 2 zarządzała kwotą 1.300.000 EUR przeznaczoną na dofinansowanie 18 projektów infrastrukturalnych i projektów związanych z ochroną środowiska na terenie byłych województw piotrkowskiego, sieradzkiego, krośnieńskiego i nowosądeckiego (obecnie województwa: łódzkie, podkarpackie i małopolskie).

Zintegrowany Program Rozwoju Regionalnego INRED, komponent 02 – „Wsparcie inwestycyjne w regionie Małopolski” był realizowany na terenie 9 byłych województw południowo-wschodniej Polski: Bielsko-Biała, Kielce, Kraków, Krosno, Nowy Sącz, Przemyśl, Rzeszów, Tarnobrzeg i Tarnów (obecnie cztery nowe województwa: małopolskie, podkarpackie, świętokrzyskie i śląskie). FAPA zarządzała kwotą 15.000.000 EUR na realizację 152 projektów infrastrukturalnych.
Regionalne Ośrodki FAPA w Kielcach, Nowym Sączu i Rzeszowie realizowały Programy Rozwoju Regionalnego RAPID, STRUDER 2 i INRED, a dodatkowo Regionalny Ośrodek w Zielonej Górze uczestniczył w realizacji Programu „ODBUDOWA”” łagodzącego skutki powodzi z 1997r.
W latach 2000-2005r. Zespół Programów Pomocowych prowadził monitoring zakończonych Programów Phare - Rozwój Regionalny, dla których FAPA pełniła funkcję wdrożeniową. Monitoring obejmował 234 projekty przez okres 5 lat po zakończeniu Programów.